運賃の精算

行き先が書いてないので何とも言えませんが、
東京発着の新幹線と、小田原下車で、東海道新幹線
の利用で、出発地を小田原から西側(熱海以西)と推測
します。

まず、乗車券ですが、東京発着となれば、東京までの
切符(近距離なら始発駅−東京、201キロ以上なら
「始発駅−『区』東京都内」と表示されている切符を
購入をしていると推測します。この場合は、
「藤沢で途中下車」の扱いになります。
小田原−藤沢の切符を改めて買う必要は無かったです。

例えばですが、熱海から東海道本線で藤沢へ行く場合、
熱海から小田原まで新幹線、小田原から藤沢まで
東海道本線を利用する場合、普通乗車券の料金は
同じです。例えが熱海ですが、熱海の部分を始発駅に
置き換えれば良いのです。

切符ですが、切符の種類によりますが、使用前なら
1回に限り変更可能、払い戻しの場合は手数料が
発生します。
列車を利用してからの途中からの変更・払い戻しは
不可です。
乗り越しなどの不足分があれば清算が必要ですが、
過剰額が出ても払い戻しはありません。
これは、「規約」で決まってます。

小田原駅の駅員さんに聞いてみれば、こんな事には
ならなかったと思います。

質問文の内容で、わからない部分が多いので、
間違って解答をしている可能性もあります。
知りたいのは
1.　小田原で新幹線を下車した列車ですが、どこから
　　乗車したのか？
2.　切符はJRの切符なのか、旅行会社で全ての工程を
　　入れた1枚の切符なのか？

話は違うかもしれませんが、JR私鉄問わず、足りない分はきっちり計算して、払わされるのに、余分に払った運賃は、知らん顔して、機械が飲み込んでしまいよる、はらたつ〜

特急券と乗車券が別々になっていれば、別に払う必要はなかったと思います。

乗り降りする駅からの乗車券を買われなかったのでしょうか？