会社契約のがん保険の取り扱い方

会社契約ということは団体扱いということでしょうか？
それとも会社が受取人になっている保険でしょうか。

団体保険であれば個人契約と一緒ですから個人の収入になります。

会社が受取人であれば、個人が受け取ることはできないし、会社から個人に支払うこともできません。

会社が受取人ということは、働いてる人が病気になって休んだ場合に受ける損害を穴埋めするためのものです。

たとえ個人経営であっても、会社に入金された後に個人に支払われたら詐欺と一緒です。

もしも会計事務所などにお願いしてあるのなら、よく聞いてみた方がいいです。

受取人がどうなってるかによってまったく違うものになります。

質問に「個人会社です。」と、書かれていますからご自身が経営者なのでしょうか？会社契約で受取人が経営者本人ということ？かと思います。

これが参考になるのでは？思います。
http://inc.law110.jp/200/11ichiji.html

さらに追加すれば、生命保険金の一時金や損害保険の満期返戻金も一時所得ということになります。

一時所得は、「一時所得の２分の１の金額を、他の所得と合算して所得税額を求めること」と定義されていますので、受け取った一時所得の金額の半分に他の所得（いわゆる給料など）と合算して計算することになっているようですｋら、２分の１分だけ安くなるようです。

生命保険ならともかく、がん保険を会社で契約するなんて聞いたことありませんが、あなたが経営する個人会社で、うまく処理できるようにわざわざしたのでしょう？
受取人なんて個別保険契約ごとに決まるもので、第三者にわかるはずもありません。まず、契約書を確認するのが先でしょう。