土地の引渡し方の疑問点　その他

普通は登記所で「同時履行」です！
あるいは、司法書士が支払証明書添付（土地代金）で登記します。
地盤調査は（地権者）買い主の負担ですよ、調査の了承は売主次第です。
その土地管轄の行政に推定地耐力などの資料があります。
買い主は地盤状況を知りたければ、建築士などに依頼し行政で調べればいいだけの話です。

>全額振り込まれてから土地の登記簿を渡す

どっちかと言うと、逆ですね。数分の違いですが。
先に司法書士が権利証を確認しないと、司法書士は買主にお金を払ってもいいですよ、と言えません。
厳密に言うと、司法書士に権利証や印鑑証明書を渡さないと、お金は振り込まれません。
アキさんが買主だったらどうですか？
登記できるかわからないのに、全額払いますか？


残代金決済の流れは、
売主、買主、仲介業者、司法書士が集まります。
司法書士は、売主の書類を確認して、買主に、代金を払って良いことを伝えます。
ここで確認する売主の書類は、
1．登記済権利証（または登記識別情報）
2．売主の印鑑証明書
3．委任状や登記原因証明情報に、実印が押してあること
その他、登記簿上の売主の住所と印鑑証明書の住所が違っている時には、住民票などの住所の変更証明書、土地の評価証明書、なども必要です。

これらの書面が、司法書士の手に入って初めて、登記ができる状態になりますから、買主に「間違いなく登記ができますから、お金を払っても良いですよ」と、いいます。
支払いは
・現金
・振込
・預金小切手
などがありますが、振込が一般的です。大金を持ち歩くのは不安ですから。
振込の着金確認を電話でするか、決済場所を銀行にして、記帳するか、その辺りは仲介業者と相談してください。
司法書士はそのまま、権利証も預かって法務局に登記を申請します。権利証がなくては登記が申請できません。

全てを、同日に（同時に）やります。
着金確認が取れてから、司法書士は登記申請（法務局）に向かいますから、勝手に登記されるわけではありません。ただし、時間によっては、銀行の都合でその日に振り込まれない場合もありますから、仲介業者に、着金確認したいと言って、早めの時間に決済時間を決めて貰った方がいいです。
権利証を預けた日に、お金も振り込まれますし、所有権移転登記も申請します。（権利証も預けます）

細かいことですが、
・所有権移転の時期
・所有権移転登記
・物件の引き渡し
これらの言葉は似ていますが、微妙に意味が違います。
所有権は、「売ります」「買います」と言った瞬間に移転している、というのが民法の決まりですが、それだと、お金も貰っていないのに所有権が移転してしまうので、特約として、残代金決済時に所有権が移転する、という約束にします。
引き渡しは、建物なら鍵を渡しますが、土地の場合は、代わりに登記名義の引き渡しになります。とはいっても、登記は法務局に持ち込まないといけないので、残金と引き換えに、となると、現金を持って法務局で集まるしかありません。防犯上も心配ですから、同時といっても、タイムラグが発生するんですね。

>印紙代の負担は、半々で
これは、契約書に貼る印紙代ですね。
契約書が1通だけの場合には、印紙代は折半して、原本は買主、コピーを売主が保管します。

登記には、登録免許税がかかりますが、売主にかかる登記（住所変更登記や担保権抹消登記など）は、売主が負担し、所有権移転登記や担保権設定など、買主に関係する登記の登録免許税は買主が負担します。

地盤調査については、工事費用は誰が負担するかは、書いてないのですか？
その建物は誰が建てるのですか？
基本的には、建物を建てるための工事ですから、建物を建てる人が負担しますが、契約によっては折半だったりする可能性もなくはないです。
費用負担については、きちんと聞いた方がいいです。
どういう契約になっているかによります。

振込確認せずに移転登記などさせてはダメです、必ず入金確認後の手続きさとさせるるべきです。また特約条項の
『地盤補強工事等については　工事費用が発生いたしますので　あらかじめご承知おきください』　と書いてあります。
　というのはもし軟弱地盤で補強工事が必要な場合は売主の負担という意味ではないのですか？　こんな特約を受け入れてはダメです、工事規模も工法も未定では費用がどれだけ掛かるのかは全く判りません。
　この特約は外さないと土地を売っても貴方の手元にはお金がほとんど残らず、買い手側は貴方の負担で地盤改良した土地を入手できるとという買い手に美味しい話になりかねません。
　この特約を外さないというなら契約はしない方がいいです。