古くは吉野寺と呼ばれ、聖徳太子が建立した48か寺の一つと伝えられている。
東塔・西塔の三重塔を要する薬師寺式伽藍配置などから
飛鳥時代には存在していたようだ。
秀吉がここの東塔を伏見城に移し
家康によって三井寺に移建された。
この三重塔は重要文化財として現在も残っている。
江戸時代には芭蕉も訪れた名刹である。

中門に続く回廊は小さくなったとはいえ今も往時を思い起こさせる。