偽装請負

委託業務が時間を拘束されないと言うことはないですね。
拘束される場合もありますね、委託内容によると考えます。
その事と偽装請負との関連が明確に書いてないのでこのことが当てはまるかどうかはお答えが出来ません。
契約以外の事を依頼されて仕事をする場合又はした場合は双方の話し合いによるのは当たり前です。
お問い合わせの内容が明確でないので漠然としたお答えになってしまいますが・・・・・・。

時たま契約書に「その他係員の指示による」と書いてある場合がありますが本来は有ってはならない記載方式ですね。
それじゃぁ止めるか、は別の次元と考えます。
良くモメたことがあります。

委託契約ですか？、請負契約ですか？　従事している仕事は一般ですか？建設業ですか？　あなたの業務と契約内容をもう一度、見直されてみればどうでしょうか・・？　約款に無ければ違約でしょう・・。　その他の打ち会わせ事項は？　もう少しお考えになれば・・。

この文章からでは貴方の立場がよく判らないのですが・・・

貴方は何処かの派遣会社に登録している派遣社員さんですか？
それとも私と同じフリーランス、又は自営業者さんですか？

もし後者でしたら契約書の内容が全てです。そもそもこういうご質問をなさること自体、貴方ご自身がご自分の契約内容を熟知なさってないってことになりますね。

前者でしたら・・・
すみません、派遣法には詳しくありません。

中途半端な回答で申し訳ありませんが・・・

成果に対する委託契約だと無理だと思いますが、労働時間管理など拘束性がある場合は違法になる可能性があるようです。

http://sr-office.com/syokuba09.html

疑問なのは、時間外労働の清算方法を記載されてない契約書を締結されたことです。
偽装では無く、契約の見落としではないかと思います。

今までの時間外労働を請求できるかはわかりません。

ここに業務委託契約について書かれています。
↓↓↓
http://www.yonekawa-lo.com/legal/backnumber1/gyomuitaku.htm

実際の内容がどうかということになりそうです。
請負契約であれば業務の完成ということですから、
就業時間という表現にはならないと思います。
また、委託仕様書に書かれていない仕事をした場合にお金を貰えないということは、
就業時間内に行ったのであれば、
元請けが間に入っているようなので、
労働者派遣法に該当するようにも考えられます。
請負契約であれば下請法違反ということも考えられます。

弁護士または社会保険労務士に相談されると良いと思います。
労働基準監督署に相談する方法もあると思います。

＞委託仕様書の記載にない仕事を依頼された場合、お金をもらえないときは、偽装請負となるのでしょうか。

元請けと新たな委託契約をしたらどうですか。　それを言い出す勇気がなければサービスとして割り切って仕事をする。