鉛筆などの数え方で、「本」の読みが３種類ありますが、その国語的ルールを教えて下さい。

音便の話が出ていますが、連結によって音の清濁が変化するのは、
音便ではなく連濁と呼ばれ、数詞はそのほんの一部です。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%80%A3%E6%BF%81

連濁の規則は一見単純そうですが実は複雑です。
単純な規則では、部分的にしか通用しません。

例えば、促音の後ろは半濁音というのは有効そうですが、
「三敗」や「原本」が半濁音であることの説明がつきません。

また、促音、發音以外の後ろは清音かというとそうでもなく、
「単行本」「文庫本」のように長いと濁音にもなるし、
しかし、「副読本」のように濁音化しないものもあります。

発音のしやすさ説についても、「敗」と全く同じ「杯」が、
「三敗」「三杯」と音が変わる理由の説明ができません。


複雑であることばかりを強調してしまっては申し訳ないので、
現時点で私の思うところですが、
連濁は、新語、造語まで含めても、日本人であれば
ほとんど同様に読まれるので、法則性はあるはずです。

私は以上のような規則が他にもいくつもあって、
そのどれかが選択されて決定されていると考えていますが、
その優先順位を体系化するのが非常に難しいのです。

もし、一貫して通用する規則が体系化されたら、
とうの昔に誰でも知っているものになっているはずですが、
日本語を習得している外国人が苦労をしている所を見ると、
学者を含めても、誰も成功していないのだろうと思っています。

とうわけで、誰もルールを作れていないという説明でご容赦ください。

私は国語教師でもなく，国語学者でもありません．
一般の平凡な一介の日本人です．
お尋ねの様な，一つの文字を幾通りにも読む変化を
音便化（おんびんか）と言います，
発音の語が連続する時，発音し易い別の音に変わる現象です．
例えば，三位一体は「さんみいったい」と読み，
「さんいいったい」とは言いません．位の文字を「い」ではなく「み」と読ませています．
「さんみいったい」の方が言いやすいからです．ですから，
家の数え方も，この音便化の一例であると，私個人は日頃から考えています．
音便化の例は日本語には，非常に沢山あります．
昔の人の知恵で言いやすく発音したのでしょう．
したがって，この音便化に対して決まったルールは作れないと，私は考えています．

＞分かりやすい国語的観点からのルールをお教え下さい。

との事ですが，習慣上そう発音するのだと私は思います．
国語学者の先生方が何かルールのようなものを知っているかも知れませんが・・・．
偉そうな事を申し上げましたが，お気を悪くなさらないで下さい．
失礼致しました．

本来、４は「し」と読むほうが多かったのではないかと思います
４本＝しほん　４件＝しけん　４画＝しかく　４辺＝しへん　など

などと考えていたら、面白いことを見つけました
ひい、ふう、みい、よ・・・
１人＝ひとり　２人＝ふたり　３人＝さんにん　４人＝よったり
「しにん」とは、言いたくなかったのかな？

日本語って、奥が深いですね

【本】以外では【杯】【匹】に助数詞の異形態があるそうです。

http://140.130.128.66/files/18_0.pdf

濁音にした方が　読みやすいですし　自然だと　思います。文法的には　分かりません。これは　専門家の　判断によると　思います。

なかなか面白いしろいことに気が付かれますね。
音を大切にする中国語やフランス語は結構規則正しく、且つ確りと教育しているみたいです。
日本語は適当ってことですね。

私見ですが、日常会話においては発音しやすいようにするだけでよいのではないでしょうか。

国語的な観点（文法）よりも世の中会話をして本筋を伝えるのが本来の目的と思います。話しやすくわかりやすくがもっとうに思います。

他国語を覚えるのも基本はまず会話からと考えますが。