IEでFlashPlayerをダウンロードしようとした場合、そのようなメッセージが表示されることがありますね。

一時的に無効にしなくてもダウンロードできる場合は、一概に一時停止させなくても良いです。
「○○（使っているウイルスソフト名）がFlashPlayerのダウンロードサイトへの接続をブロックしました」のような意味のメッセージが出た場合に、タスクバーのウイルスソフトアイコン右クリックで一時停止または終了にすれば良いでしょう。
ダウンロードしてインストールもできたら、再度そのアイコンをクリックして再開にするか、面倒だったら再起動すれば良いと思います。

Adobe Flash Playerはかなり高度なソフトです
64bit　OSではいまだインストールがうまくいかないという報告もあります（最近改善されたようです？）
各人のPCは設定がすべて違います
ましてセキュリティソフトを「高」設定にするとがんじがらめになります

それは置いといて・・・質問者様はセキュリティソフトを一時的に無効にしたいということですよね
私が持っている2つのセキュリティソフトの実例を挙げます
（特別、その2つに執着しているわけではありません、実名を挙げてすみません）

1　Sourcenext社に「ウイルスセキュリティ　ゼロ」

　　アイコンを右クリックしてください
　　「すべての機能を無効にする」があります
　　元に戻す（有効にする）には時間を指定するか、同じところ
　　が有効にするに変わっていますから、それをクリックしてください
　　あるいは再起動すれば元に戻ります

2.　Microsoft社　Microsoft Security Essential　（無償配布）

　　ソフトを開いてダイアログボックスから「設定」で
　　□リアルタイム保護を有効にする　のチェックを外してください
　　元に戻すには再び同位置にチェックを入れてください

2例しかありませんが他のソフトもどちらかに似たようなものと思います

Qに対するAは写真が1枚（1回）しか載せられません
小さくて見づらいのはご容赦ください

何だか、ちょっとおかしな話ですが、私も、自信が御座いませんので、何とも申せません。

◎オチョクラレテ　頭に来た事でしょう？

◎パソコンに関する事でしたら、パソコンよろず相談
　って、コーナーが有りますので、そちらで
　確かめられたら如何ですか？

つい先ほど、Flash Player の更新をしたばかりです。ウィルス対策ソフトを無効にするなどという表示は一切なく、もちろん、そのままインストールしました。
　初めてインストールするのでしょうか？
　その場合は、そのような、不気味な表示が出るのでしょうか？
　正しい FlashPlayer ならば良いのですが、ウィルスソフトだったらおもしろいですね。
　公然とウィルス対策ソフトを無効にさせて侵入する「悪意のあるソフト」だったら、笑いが止まらないでしょうね。