特許権の存在について

失礼ながら、質問者の方は、特許制度に詳しくないとの前提で以下にコメント致します。

最初の質問は、二つの部分に分けられます。

先ず、小保方さんの論文が間違いで、細胞が存在する場合に特許権が成立するかどうかという問題です。

最高裁の判例では、特許に要求されるの反復実施可能性であって、理論の正しさではありません。
細胞が存在していても、それを再現して作れない限り、特許は認められません。
逆に、細胞を再現して作れるのであれば、理論が間違っていることが後で証明されても、成立した特許権は無効に成りません。

現在問題になっているのは、その再現性だと思います。

第二点で、特許権の所有者は基本的には自然人ですが、日本の特許法には職務発明という制度がありますので、使用者が譲渡を受ける場合が圧倒的に多くなります。
しかし、この譲渡は無条件ではなく、あくまでも使用者と従業者との間の取り極めに基づくものです。
以前は発明者である大学の教官などが出願人になる場合がありましたが、現在は大学等も職務発明規定を整備しているので、個人の発明家がなした発明以外は、ほぼ１００％使用者が所有することになります。

第二の質問には、お答えしなくても理解されると思います。

まず、大前提として、特許は「先に申請して、特許を得た者」が勝ちです。
後から同じ発明をしても先に特許を取れば、勝ちです。

具体的には、ＳＴＡＰ細胞が特許の対象になり得るかどうかはわかりません。
それと、小保方さんと理研の雇用関係がわかりませんので、あくまで一般の会社員が発明をして、特許を取るとすると、特許を申請するのは「会社」です。
会社がお金を出して、こういう研究をせよ、と命令してやらせているのに、特許をとるのが個人だったら、会社はやってられないでしょう。
その代わり、会社は、その会社員に対して、相当な対価を支払わなければなりません（特許法）。
過去の訴訟で、会社に対して数億円の支払い命令がでたことがあります。