土地の分筆を取り消せますか？

法務局か土地家屋調査士に、謄本を見せて相談するのが一番ですね。


分筆を抹消すること自体は、錯誤による分筆抹消というのがありますが、錯誤を証する書面をどのようにつくるかが大変です。錯誤した親御さんは亡くなっていますから・・・むしろ合筆する方が簡単です。

でも、

＞参考文献を見させて頂いたのですが、条件的に抵当権の部分がひっかかりそうです。

となると、ひとつの土地には抵当権が付いていてもう片方は付いていないとか、両方に抵当権が付いているけれども、別々の受付番号であるとか、
あるいは、それぞれの土地の名義が別々の人だとか・・・
……というような状況ですと、分筆を抹消するのも合筆と同じ理屈ですから無理です。


固定資産税については、
＞休遊地扱いで高い固定資産税が掛かっている
というよりも、そちら（更地）が普通の固定資産税額で、建物が建っている方は、住宅用地の特例で、安くなっているのですが、

＞また、両家の間に出来た狭い土地はこのままだと休遊地扱いとなって、ここだけ高い固定資産税が掛かるのでしょうか？

ということだけが問題なら、役所の資産税課（東京都は都税事務所）と話をして、
この細長い土地も建物の敷地であると認定してもらえば解決しますね。
難色を示すようなら、建物の登記簿の「所在」を変更すればどうですか？といってみる。
たぶん、建物の謄本を取ると、所在が「○○市○○何丁目○番地○」というような書かれ方だと思いますが、表示変更（土地家屋調査士の仕事です）して、「○○市○○何丁目○番地○、○番地△（細長い土地の地番）」という風に変更するわけです。ただ、建物とその土地との距離などによっては難しいので、そのあたりも、法務局か土地家屋調査士に相談してみてください。

細長い土地で、他に使い道がないなら、敷地として認定してくれると思いますけど。。。ただし、今、話をしたからといってすぐに安くはなりません。
本来は、１月１日現在の土地の状態で評価して価格を決めて、４月１日にその価格を公開します。その日から２ヶ月間縦覧期間というのを設けてあって、その間に評価に疑問があれば申し出てください、ということになっています。とはいえ、それまで待たなくても、話に行ってみては？（多少強気な方がいいかも）

と、無責任な言い方ですみません。

合筆と言う方法があります。
参考に。
http://www.geocities.jp/toukisokuryou/page/hituyou-gouhitu.html

面積や地目、用途地域などによって税金も変わるので、詳しくはお近くの司法書士とご相談を。