豊洲市場は隅田川の河口ですし、東京湾の海水が三方を囲っていますね。地図を拡大すれば、ありありです。当該床下は海水面よりも下になりましょう。鬱蒼と東京ガス時代から蓄積された物質を含めて、海水面との落差による水圧で、床下に押し出て来た水と容易に解されます。コンクリ壁面に隙間があれば、そこからでしょうし、床下の下面がコンクリで遮断されていないのなら、論外として地下からの水が、海面との落差による自然水圧で滲み出て来ますね。
生鮮食料品の市場には不向きですから対策の上、万が一の地震による地盤の流動化発生でも、人的被害が最小になる様な施設として、活用するのが次善の策