苗木城は天文年間（1532年頃）に遠山直廉によって築かれたとされます。
直廉は、岩村城主・遠山景友の次男で織田信長の妹を正室としています。直廉の娘はのちに信長の養女となって武田勝頼に嫁ぎ、勝頼の嫡男・信勝を産んでいます。
572年（元亀3年）、直廉が病没すると跡継ぎがいなかったため、信長の命により一族の遠山友勝が城主となります。
苗木遠山氏は、岩村城の本家と明知城主・遠山氏とともに遠山三人衆と呼ばれていました。
信濃と美濃の境にあることから武田・織田の争いに巻き込まれ、武田氏の東美濃侵攻により岩村城が武田氏の拠点となると、苗木城が織田方の最前線となりまし