琵琶湖はとても古い湖で、今から400万年ぐらい前に三重県伊賀市のあたりに湖ができて、
約340万年前までそこにあった後一度途切れて、
滋賀県の今のあたりで100万年前からずっとあるといわれています。

年間3ｃｍづつ北上し、北は沈下し南が隆起する事で移動しているという説もありますが、3ｃｍと云うのは伊賀市から現在の場所までの距離を時間で割っただけで怪しいと云った説もあります。

琵琶湖から唯一流れ出ている川の「瀬田川」が、すごく固い岩盤でできた山の間（鹿とび橋付近）を細長く通り抜けていく形でできている為水が溜まりやすいといった説もありますね。