菅政権下で会員任命を拒否されたとする学者6名が国を相手取って東京地検に提訴しているが、政府の有識者懇談会は「国の特別機関」ではなく国から独立した法人とするため「組織・制度」「会員選考」に関する作業部会を立ち上げ、「組織・制度」に関する作業部会を開き、出席した政府関係者にると学術会議側は法人化に反対しないしせいを明言したという。

そもそもが、学術会議の発足当時の日本が占領政策の中で、復興、経済発展に対応するためにどうするのかという状況下、GHQと共産党は蜜月状況にあり、産業資本と・大地主・天皇などの解体と民主主義・科学精神の導入が共産主義者たちの目標とな