コンクリート打ちっぱなしのリフォームについて教えてください。

施工ミスの内容が気になりますね。
たとえば成分が変わたり、手順を間違えたため、強度不足などになる可能性もあります。
「ひび割れてからやり直し」と誠意があるように聞こえますが、ひび割れたときにその業者がいない可能性もありますので。

ただ、あまりきついことを言うと、再工事となった場合に、どんな手の抜かれ方をするかもわからないですので怖いですね。

今は、話し合いで、施工ミスの件ややり直しの件など録音や書面などで証拠を残すことも必要かなと思います

地域は存知ませんがこの時期にRCの打ちっぱなしはあまり
お勧めできません。気温が低すぎます。

ただどういう症状かもう一つピンとこないのですが、土間部分か壁面かどちらでしょうか？
開口部の下端でしょうか？　20日程度では乾燥しませんので色ムラは仕方ないでしょう。この時期夜間凍てついて水分が凍ったりすると色ムラも出やすいです。
あとは補修ﾓﾙﾀﾙで色調合して補修します。塗料は塗らないで下さい。

それとRCの打ちっぱなしの場合均一には仕上がらない事
理解して下さい。近くで見るとムラや巣など有っても当たり前です。
それを補修材で仕上げて初めて目立たなくしているのが
現状です。自然の仕上がりままで均一な仕上がりを望むのでしたらそういう仕上げは期待しない事です。
ムクの床材や壁材を使って均一でないと仰る方が居ますが
ムラがあってこそ本物のムク材だと思うものです。

RCの場合直ぐ埃や雨が浸透して汚れが着きます。
外部用クリアウレタンを塗っておけば長持ちしますが
塗りすぎてもムラが目立ってきます。
あまり神経質にならないでムラがあって当たり前位に思って置いてください。数年すれば汚れでそれも気にならなくなりますよ。

どういう施工ミスをしたかが問題ですね。
通常、生コンを使って土間コンを打った場合、色は白くなります。昨年車庫と物置小屋に土間コンを打ってもらいましたので経験済みです。

濃いグレーになっているとのことですが、現場でセメントと砂、バラスを混ぜてコンクリートを作ると、配合比率が変わり色が変化します。多分生コン費用をケチった結果なのでしょう。

どういうミスかを明確にしてもらい、やり直しをさせるべきでしょう。

時間が経ったら落ち着きます。
見てないけど、それが一般的。
消えるという表現はタブーですね。

そこに行き着く経緯が悪かったので、
感情的に「全然消えていない！！！」
と、なってしまうことを懸念します。

打ち放しとモルタル仕上げは違います。
薄塗りの化粧が近年違うトラブルになってしまっても嫌でしょうから、
落ち着いて、最善策をとるよう業者さんと喧嘩せず、
相談してみると良いかもしれません。