東南アジアの効率的なまわり方

旅行は行ったか否かではなく何をするかでは
まず、行きたい処、見たい物、やりたい事、食べたい物
一覧表を作り優先順位を作ってみては
六カ国を14日で回る、往復を除き移動日をのぞけば
一カ国何時間ですか

東南アジアでもっとも拠点として使いやすいのはシンガポールです　ジャカルタ　クアラルンプル　バンコク　ハノイ　ホーチミンなどへ１〜２時間程度のフライトですし　便もたくさん出ています
また空港もスムーズだし　ホテルへも近い

あとはそれぞれの国のどこに行きたいかによります
どの国も首都から地方への便は少ないです

インドネシアは縦横に広いし　島ごとに文化も違います
のでどこで何をしたいかによって日程も交通手段も異なります
マレーシアならシンガポールからいろんなところに高速バスでも行けます　日帰りか1泊2日で

タイも北から南まで広いし　その割に便が少ない

ベトナムはハノイホーチミンの間は頻繁に飛んでますがそれ以外の都市ではいきなり少なくなります　
主だった観光地はシンガポールの旅行業者が1泊2日は2泊3日でバスツアーとか航空機を使ったツアーを用意しています
ツアー価格はいろいろですが　シンガポールに行ってから旅行会社と相談すれば　日本で予約するよりはるかに安く上がります


どのルートがいいかは一概に言えませんが移動を中心に考えると上記の条件であるとお考えください

のこぎりやまさんの移動方法に賛同します。
インドネシアはシンガポール滞在中にオプショナルツアーを利用してちょこっと行ってもいいでしょう。

２週間で６カ国も廻ると、移動が中心で終わってしまいます。
旅としては、勿体ないですね。
せいぜい２カ国に絞って、じっくり気ままに動いた方が、旅の印象が残ります。観光も取り入れ、街歩きにその国の風情や日常生活を感じながら、そして時間に追われない旅が良いと思います。

お勧めの国は特にありませんが、ローカルな国を経験してから、シンガポールやバンコクなどへ行った方が気が楽です。

私の場合、初めての東南アジアは、ベトナムでした。
そしたら、アンコールワットが意外に近く、次回カンボジアへと行きました。

単に　東南アジアの雰囲気を知りたい場合は、タイ（BKK)→マレーシア（KL)→シンガポール　で事足りると思います。

LCCは判りませんがナショナル・フラッグでの移動でしたら、離発着や乗り継ぎの問題は少ないです。

上記の国々とインドネシアは、９０年代の発展が同時でした。

ベトナムとカンボジアは上記よりも５−１０年遅れてます。
したがって航空関連の接続も一段安定度が低いでしょう。

タイ・インドネシア・ベトナム・カンボジアは、それぞれ数日をかけて滞在する魅力があります（地方都市）。

１か国２週間でないのですか
移動が８回、14-8=6　各国到着日と１日滞在、２泊まで
旅行終わっての報告お待ちしています

答えになっていませんが
Q&Aに拍手でなく
行動に拍手
一つだけ、
BKK<--> シェムリアップ（プノンペンでなく）<-->ホーチミン・ハノイ　　が良いと思います

２週間だと弾丸ですね。
マレーシア⇒シンガポール⇒(飛行機)⇒タイ⇒カンボジア⇒ベトナム⇒(飛行機)⇒インドネシア
とかどうでしょう。

国境は基本治安悪いので陸路の国境超えは昼に行くようにするといいかと思います。

特にタイ、ベトナムは見所が多いので、体力がまだ残っている最初に回りたいものですね。
私も東南アジア周辺を周遊した経験がありますが、あとから見直すとすごく非効率だったことがわかり、非常に悔しい思いをしていました。
回答ではありませんが、私も非常に気になるご質問です。

あまり急ぐとつらいですよ。

途中でトラブルがあっても困りますし・・・。